Le projet sera piloté  par une Unité de Gestion, conformément aux procédures de la Banque Islamique de Développement. Celle-ci aura pour tâches principales :

• La préparation et le suivi des fonds mis à disposition ;
• La réalisation des activités nécessaires à la passation des marchés de travaux, de fournitures et de services,
• Le suivi administratif et financier des marchés de fournitures, de travaux et de services,
• Il facilitera également les liaisons entre le Ministère de la Santé  (MS), les autres intervenants nationaux dans la mise en œuvre du projet et la BID sur les aspects de gestion administrative et financière dudit projet.
• Le recrutement d’un auditeur pour l’audit technique et financier des activités du projet.